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(一)增值稅一般納稅人的會計處理
按稅法有關規定，增值稅一般納稅人初次購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用以及繳納的技術維護費允許在增值稅應納稅額中全額抵減的，應在“應交稅費應交增值稅”科目下增設“減免稅款”專欄，用于記錄該企業按規定抵減的增值稅應納稅額。
企業購入增值稅稅控系統專用設備，按實際支付或應付的金額，借記“固定資產”科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。按規定抵減的增值稅應納稅額，借記“應交稅費應交增值稅(減免稅款)”科目，貸記“遞延收益”科目。按期計提折舊，借記“管理費用”等科目，貸記“累計折舊”科目;同時，借記“遞延收益”科目，貸記“管理費用”等科目。
企業發生技術維護費，按實際支付或應付的金額，借記“管理費用”等科目，貸記“銀行存款”等科目。按規定抵減的增值稅應納稅額，借記“應交稅費應交增值稅(減免稅款)”科目，貸記“管理費用”等科目。
(二)小規模納稅人的會計處理
按稅法有關規定，小規模納稅人初次購買增值稅稅控系統專用設備支付的費用以及繳納的技術維護費允許在增值稅應納稅額中全額抵減的，按規定抵減的增值稅應納稅額應直接沖減“應交稅費應交增值稅”科目。
企業購入增值稅稅控系統專用設備，按實際支付或應付的金額，借記“固定資產”科目，貸記“銀行存款”、“應付賬款”等科目。按規定抵減的增值稅應納稅額，借記“應交稅費應交增值稅”科目，貸記“遞延收益”科目。按期計提折舊，借記“管理費用”等科目，貸記“累計折舊”科目;同時，借記“遞延收益”科目，貸記“管理費用”等科目。
企業發生技術維護費，按實際支付或應付的金額，借記“管理費用”等科目，貸記“銀行存款”等科目。按規定抵減的增值稅應納稅額，借記“應交稅費應交增值稅”科目，貸記“管理費用”等科目。
“應交稅費應交增值稅”科目期末如為借方余額，應根據其流動性在資產負債表中的“其他流動資產”項目或“其他非流動資產”項目列示;如為貸方余額，應在資產負債表中的“應交稅費”項目列示。