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實踐中，增值稅免稅收入的會計處理主要有兩種方法。一種是價稅分離法，一種是價稅合計法。哪種方法更合理？
1.價稅分離法
政策依據：對在《財政部關于減免和返還流轉稅的會計處理規定的通知》直接減征或免征的增值稅，借記“應交稅金——應交增值稅(減免稅)”科目，貸記“補貼收入”科目。
核算：納稅人不能開具銷售免稅項目的增值稅專用發票，但開具給購買方的普通發票金額應為銷售和銷項稅額之和。如果不向買方收取銷項稅，納稅人的“補貼收入”從何而來？
賬務處理：銷售免稅項目時，借記“銀行存款”等科目，貸記“主營業務收入”、“應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)”科目；直接減免稅的，按銷項稅額借記“應交稅金——應交增值稅(減免稅)”科目，貸記“補貼收入”科目。
稅務診斷：《增值稅暫行條例》第十條規定，免征增值稅項目的進項稅額不得抵扣。同時，免稅也只是免除這個環節的增值稅。但在價稅分離法中，“應交稅金——應交增值稅(減免稅)”科目中的減免稅是銷項稅額，而不是該環節的增值稅。
2.總價計稅方法
政策依據：根據《關于國有糧食購銷企業開具糧食銷售發票有關問題的通知》(國稅明電[1999]10號，以下簡稱10號文件)第三條規定，國有糧食購銷企業在開具增值稅專用發票時，應按非免稅貨物開具增值稅專用發票，企業銷售額為“價稅合計”。
會計：免征增值稅的目的不是讓納稅人繳稅，而是讓納稅人繳稅。也就是說，企業銷售商品或者提供服務(勞務)應當是免稅價格。2007年1月26日，天津保稅區國稅局《關于防偽稅控一機多票納稅人開具免稅貨物增值稅普通發票有關問題的通知》規定，防偽稅控一機多票納稅人暫按零稅率開具免稅商品增值稅普通發票。
賬務處理：銷售免稅項目時，按從價稅總額借記“銀行存款”等科目，貸記“主營業務收入”科目。
稅務診斷：在不確定是否享受免稅政策時，總價計稅方法不可行。比如小微企業月銷售額是否超過2萬元，每個月中旬都無法判斷。而且在企業所得稅方面，如果免征的增值稅符合不征稅收入的條件，就不能單獨核算價稅合計法，會使應有的政策享受不到。
免稅收入的會計處理
增值稅免稅收入的會計處理應注意6號文件和10號文件.其中，6號文規定了“直接減征增值稅”，其減征的對象是“稅”而不是“收入”。服務型企業招用失業人員的，可以依法抵扣增值稅等稅收(每人每年4000元)。10號文件規定“承擔糧食收儲任務的國有糧食購銷企業銷售的糧食免征增值稅”，這是對“收入”的免稅。
以上，我們可以得出結論：
1.直接減免增值稅的，適用6號文件。
例1:某貨運公司(增值稅一般納稅人)每月貨運收入(含稅)1萬元，每月成本支出180萬元(含進項稅10萬元)，當年新招失業人員10人，增值稅由稅務機關依法抵扣。賬務處理如下(單位：元，下同):
實現收入時：
借方：銀行存款2886000。
貸款：主營業務收入260萬元。
應交稅金——應交增值稅(銷項稅額)286000
花費成本時：
借方：主營業務成本170萬元。
應交稅費——應交增值稅(進項稅)100000
貸款：銀行存款180萬元。
減少增值稅時：
借：應交稅金——應交增值稅(減免稅)40000。
貸：營業外收入——補貼收入40000。
2.10號文件的基本精神，即價稅合計法，應適用于已確定的增值稅免稅公司
例2:某縣新華(增值稅一般納稅人)本月購買圖紙5000份，錢從銀行支付。價10萬元，稅1萬元取得增值稅普通發票。這個月賣了6000張地圖，錢都存銀行了，一共15萬。會計處理如下：
購買圖紙時：
借方：庫存113000。
借款：銀行存款113000元。
銷售圖表時：
借方：銀行15萬元。
貸款：主營業務收入15萬元。
確認非應稅收入時：
借方：主營業務收入
貸：營業外收入33，354補貼收入。
注：15000013-13000=(元)
3.對于不確定的增值稅免稅收入，適用價稅分離法。免征的增值稅作為“補貼收入”處理。
例3:某設計公司(小規模納稅人，小微企業)2013年8月10日設計收入8000元，2013年8月26日設計收入12000元，含稅。本月無其他收入，賬務處理如下：
8月10日取得收益時：
借方：銀行8000。
貸款：主營業務收入
應交稅金——應交增值稅
8月26日取得收益時：
借方：銀行存款12000元。
貸款：主營業務收入
應交稅金——應交增值稅
月末確認免征增值稅收入時：
借：應交稅費——應交增值稅
貸：營業外收入33，354補貼收入。